
Fondés en 1584 par Ignace de Loyola, les Jésuites conduisirent la Contre-Réforme, lorsque les Protestants se séparèrent de l'Église Catholique, en partie à cause de ses nombreux abus. On date généralement la Réforme de la publication des Quatre-vingt-dix thèses de Martin Luther en 1517. Les Jésuites mirent l'accent sur l'éducation, ainsi que sur l'art et l'architecture religieuse, contribuant ainsi aux réformes de l'Église.
Le monogramme jésuite IHS est bien visible au sommet de l'église; il signifie “Iesus Hominum Salvator" ou Jésus est le sauveur de l'humanité. Malgré toutes les décorations à l'intérieur, l'extérieur est très sobre.

L'autel, qui ressemble au décor d'une pièce de théatre, et sa décoration élaborée en or, sont des caractéristiques du style baroque avec des lignes ondulées, des ovales, des formes concaves et convexes, afin de donner une impression de mouvement. On trouve aussi dans le sanctuaire des volutes, six colonnes corinthiennes, des statues de St. Pierre et de St. Paul, et un tabernacle élaboré, avec une représentation de Dieu au dessus de tout. Des portraits de prêtres, qui ont servi l'église, sont visibles autour de la voûte.

Les peintures baroques se font remarquer par leurs effets de lumière contrastés avec des zones sombres. Les centres d'intérêt de celui qui regarde, se détachent en pleine lumière sur les ténèbres qui les environnent. Par exemple, la crucifiction ci-dessus, montre Jésus sur la croix, sa mère, Marie, et Jean, le disciple. La peinture ci-dessous représente St. Ignace.
Les chapelles latérales honorent différents saints, l'une d'entre elles étant éclairée en l'honneur de St. Régis, très vénéré au Puy; on a pu le désigner sous le nom de “Saint des dentellières” car il réussit à convaincre l'évêque du lieu, de ne pas faire arrêter la fabrication de la dentelle, commencée en 1407. L'évêque pensait que cette industrie était trop frivole et bénéficiait surtout aux riches. Régis avait apprit aux prostituées, que faire de la dentelle était un moyen plus décent de subvenir à leurs besoins, et à ceux de leurs enfants. Il leur a évité, ainsi qu'à d'autres artisants, de perdre leur métier.
Régis organisa aussi, non loin de l'église du Collège, une soupe populaire, l'une des premières du genre. Il est l'un des trois modèles les plus importants, pour les Sœurs de St. Joseph dans leurs œuvres de charité et d'hospitalité. Les deux autres sont St. Vincent de Paul et St. François de Sales.

En 1640, les Jésuites construisirent aussi un presbytère, en face de l'église du Collège; c'est là que le Père Médaille résidait, pendant ses visites au Puy. Remarquez le monogramme jésuite sculpté dans la pierre, au-dessus du premier étage.
